因为客观条件，任何显微镜光学系统都不能生成理论上抱负的像，各种像差的存在影响了成像质量。下面别离简要介绍各种像差。
1、显微镜的球差
球差是轴上点的单色相差，是因为透镜的球形外表构成的。球差构成的结果是，一个点成像后，不在是个亮点，而是一个中心亮边际逐渐含糊的亮斑，从而影响成像质量。
球差的纠正常使用透镜组合来消除，因为凸、凹透镜的球差是相反的，可选配不同材料的凸凹透镜胶合起来给予消除。旧型号显微镜，物镜的球差没有完全纠正，应与相应的补偿目镜合作，才能达到纠正效果。一般新型显微镜的球差完全由物镜消除。
2、色差
色差是显微镜透镜成像的一个严峻缺陷，发生在多色光为光源的情况下，单色光不产生色差。白光由红 橙 黄 绿 青 蓝 紫 七种组成，各种光的波长不同 ，所以在经过透镜时的折射率也不同，这样物方一个点，在像方则或许构成一个色斑。光学系统最主要的功用就是消色差。
色差一般有方位色差，放大率色差。方位色差使像在任何方位调查都带有色斑或晕环，使像含糊不清。而放大率色差使像带有五颜六色边际。
3、畸变
前面所说各种像差除场曲外，都影响像的明晰度。畸变是另一种性质的像差，光束的同心性不受到破坏。因而，不影响像的明晰度，但使像与原物体比，在形状上构成失真。
4、像散
像散也是影响明晰度的轴外点单色像差。当视场很大时，边际上的物点离光轴远，光束倾斜大，经透镜后则引起像散。像散使本来的物点在成像后变成两个别离并且相互笔直的短线，在抱负像平面上归纳后，构成一个椭圆形的斑驳。像散是经过复杂的透镜组合来消除。
5、慧差
慧差属轴外点的单色像差。轴外物点以大孔径光束成像时，发出的光束经过透镜后，不再相交一点，则一光点的像便会得到一逗点状，型如慧星，故称“慧差”。
6、场曲
场曲又称“像场弯曲”。当显微镜透镜存在场曲时，整个光束的交点不与抱负像点重合，虽然在每个特定点都能得到明晰的像点，但整个像平面则是一个曲面。这样在镜检时不能一起看清整个像面，给调查和照相构成困难。因而研究用显微镜的物镜一般都是平场物镜，这种物镜现已纠正了场曲。
