一、正确装置的问题
运用显微镜前，首要要把显微镜的目镜和物镜装置上去。目镜的装置极为简略，首要的问题在于物镜的装置，由于物镜镜头较贵重，万一学生装置时螺纹没合好，易摔到地上，形成镜头损坏，所以为了保险起见，着重学生装置物镜时用左手食指合中指托住物镜，然后用右手将物镜装上去，这样即便没装置好，也不会摔到地上。
二、正确对光的问题
对光是运用显微镜时很重要的一步，有些学生在对光时，随便转一个物镜对着通光孔，而不是按要求必定用低倍镜对光。滚动反光镜时喜爱用一只手，往往将反光镜扳了下来。所以教师在指导学生时，必定要着重用低倍镜对光，当光线较强时用小光圈，平面镜，而光线较弱时则用大光圈，凹面镜，反光镜要用双手滚动，当看到均匀亮光的圆形视界停止。光对好后不要随便的移动显微镜，避免光线不能准确的通过反光镜进入通光孔。
三、正确运用准焦螺旋的问题
运用准焦螺旋调理焦距，找到物象可以说是显微镜运用中最重要的一步，也是学生感觉最为困难的一步。学生在操作中极易出现以下过错：一是在高倍镜下直接调焦; 二是不管镜筒上升或下降，眼睛始终在目镜中看视界;三是不了解物距的临界值，物距调到2～3厘米时还在往上调，并且滚动准焦螺旋的速度很快。前两种过错结果往往形成物镜镜头抵触到装片，损害装片或镜头，而第三种过错则是学生运用显微镜时最常见的一种现象。针对以上过错，教师必定要向学生着重，调理焦距必定要在低倍镜下调，先滚动粗准焦螺旋，使镜筒渐渐下降，物镜靠近载玻片，但留意不要让物镜碰到载玻片，在这个过程中眼睛要从旁边面看物镜，然后用左眼朝目镜内注视，并渐渐反向调理粗准焦螺旋，使镜筒缓缓上升，直到看到物像停止，一起向学生阐明一般显微镜的物距在1 厘米左右，所以如果物距已远远超过1 厘米，但仍未看到物象，那可能是标本未在视界内或滚动粗准焦螺旋过快，此时应调整装片位置，然后再重复上述步骤，当视界中出现模糊的物象时，就要换用细准焦螺旋调理，只有这样，才能缩小寻找规模，进步找到物象的速度。
四、物镜转化的问题
运用低倍镜后换用高倍镜，学生往往喜爱用手指直接推转物镜，以为这样比较省力，但这样容易使物镜的光轴发作偏斜，原因是转化器的资料质地较软，精度较高，螺纹受力不均匀很容易松脱。一旦螺纹破坏，整个转化器就会作废。教师应指导学生手握转化器的下层滚动扳转化物镜。
五、光学玻璃清洗的问题
光学玻璃用于仪器的镜头、棱镜、镜片等。在制作和运用中容易沾上油污、水湿性污物、指纹等，影响成像及透光率。清洗光学玻璃，应根据尘垢的特点、不同结构，选用不同的清洗剂，运用不同的清洗东西，选用不同的清洗办法。清洗镀有增透膜的镜头，如照相机、幻灯机、显微镜的镜头，可用20% 左右的酒精和80% 左右的乙醚装备清洗剂进行清洗。清洗时应用软毛刷或棉球沾有少量清洗剂，从镜头中心向外做圆运动。切忌把这类镜头浸泡在清洗剂中清洗，清洗镜头时不要用力擦洗，否则会损害增透膜，损坏镜头。
清洗棱镜、平面镜的办法，可依照清洗镜头的办法进行。
光学玻璃外表发霉，是一种常见现象。当光学玻璃生霉后，光线在其外表发作散射，使成像模糊不清，严重者将使仪器作废。光学玻璃生霉的原因多是因其外表附有微生物孢子，在温度、湿度适宜，又有所需“养分物”时，便会快速成长，形成霉斑。对光学玻璃做好防霉防污尤为重要，一旦发生霉斑应立即清洗。
运用上述清洗剂也能清洗光学玻璃上的油脂性雾、水湿性雾和油水混合性雾，其清洗办法和清洗镜头的办法类似。
